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CRISPR/Cpf1基因组编辑几乎没有脱靶效应-亚英体育app

发布时间:2021-03-16 01:46:03来源:亚英体育-亚英体育app|首页编辑:亚英体育-亚英体育app|首页阅读: 当前位置:首页 > 奇趣自然 > 手机阅读

作为CRISPR基因组编辑的新工具,Cpf1因其不同于Cas9的性质而引发人们的普遍注目。它只必须单个RNA,即crRNA(CRISPRRNA),因而装配更为非常简单;它的交叠切割成模式有可能增进利用所需的序列更换现有的DNA序列;它辨识含有胸腺嘧啶的DNA序列,而且相对于Cas9辨识的含有鸟嘌呤的序列,人们很少探究这种序列。总之,Cpf1未来将会不断扩大CRISPR基因组编辑靶位点的范围,同时具备更佳的编辑效率。  尽管Cpf1有极大潜力沦为一种强劲的基因组编辑工具,但是人们很少证实这种新的工具如何特异性地寻找它的靶位点。

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在一项新的研究中,来自韩国基础科学研究所(IBS)基因组编辑中心的研究人员证实作为一种高度特异性的可编程工具,Cpf1合适用作准确的基因组编辑。涉及研究结果于2016年6月6日在线公开发表在NatureBiotechnology期刊上,论文标题为Genome-wideanalysisrevealsspecificitiesofCpf1endonucleasesinhumancells。  研究人员用于了两种类型的Cpf1家族蛋白(AsCpf1和LbCpf),这是因为它们是同类蛋白中编辑效率最低的,并积极开展Digenome-seq测试:他们设计出有的一种测试方法以便在全基因组中检验出有Cpf1需要展开切割成的靶位点(on-targetsite)和脱靶位点(off-targetsite)。不不含细胞的基因组DNA就是指人细胞中分离出的,然后利用事前装配的重组Cpf1核糖核蛋白(RNP,编者注:由crRNA和Cpf1展开装配而构成)对该基因组DNA展开切割成,随后展开仅有基因组测序。

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通过对对应于体外靶切割成位点和脱靶切割成位点的测序序列片段展开核对,就可通过计算出来检验出有这些位点。    Figure1a(左边):在这项研究中,利用单重Digenome-seq确认LbCpf1(n=8)、AsCpf1(n=8)和SpCas9(n=2)的体外切割成位点。在我们之前的研究中,利用利用多重Digenome-seq确认SpCas9(n=11)的体外切割成位点。

Figure1b(右边):利用Digenome-seq分析Cpf1和SpCas9RGENs的全基因组特异性。_亚英体育app。

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